I parrocchiani di Gazzada, sollecitati dall’Arcivescovo milanese, iniziarono la costruzione della chiesa dedicata all’esaltazione della Croce nel 1580.
I lavori terminarono verso la fine del secolo.
La nuova chiesa dalla pianta a croce latina, sormontata da un tiburio (elemento architettonico che racchiude al suo interno una cupola proteggendola), in modo tale da farla apparire come una costruzione di tipo bramantesco, benchè dotata originariamente di poche suppellettili potè conseguire il titolo di parrocchiale.
Solo col tempo potè arricchirsi di tre altari, uno centrale e due laterali. Il primo fu abbellito di marmi, pilastrini a colonne, angeli e cherubini, ornamenti in bronzo e rame, per interessamento del Perabò, segretario generale del Ducato milanese, che si valse della collaborazione dell'incisiore Gianzini Filippo, nel 1774.
L'altare laterale di destra originariamente eretto in onore di S. Orsola, arricchito con grandi modanature di stucco, fu in seguito consacrato a S. Antonio di Padova, raffigurato in atteggiamento estatico in un dipinto su tela.
Posteriore è invece la cappella del lato destro dedicata alla Vergine del Rosario e completata in stile neoclassico, nel 1826, da Agostino Albizzola e Angelo Maria Argenti di Viggiù.
L'icona raffigurante la Vergine, in atto di sgranare il Rosario, risale al sec. XVII.
La chiesa potè valersi dell'appoggio finanziario e morale di diversi fedeli coadiuvati dalle competenti autorità religiose. Tra i primi benefattori emerge la figura di G. Paolo Aliprandi che, prima di morire, nel 1649, legò alla chiesa una Messa quotidiana e una settimanale da celebrarsi in parrocchia secondo la volontà raccolta dal notaio di Varese, Francesco Rancati, come è ricordato nella lapide:
D.O.M
IO. PAULUS ALIPRANDUS
OBIT ANNO MCDXXXXVIIII
DIE DECIMA NONA NOVEMBRIS
QUI LEGAVIT MISSAM UNAM
QUOTIDIANAM ET
ALTERAM HAEBDOMADARIAM
IN HAC PAROE CELEBRAN:
UN PATET EX TESTAMENTO
CONDITO PER PETRUM FRANCISCUM
RANCATUM NOTARIUM VARISII
ANNO SOPRADICTO
DIE XVIII OCTOBRIS
Grazie all'interessamento di personaggi locali e la meditazione delle più alte cariche religiose, Gazzada potè avere dal pontefice Paolo V numerose reliquie. Ulteriori reliquie furono concesse il 13 novembre 1620.
Per un migliore funzionamento della chiesa il card. Federico Borromeo emanò, nel 1610, una serie di decreti, dopo la visita di don Carlo Andrea Basso, prevosto di Angera e vicario foraneo, per l'integrazione della suppellettile, per una migliore conservazione delle reliquie, per il trasporto del battistero dalla vecchia parrocchiale di S. Bernardino, per dotazione decorosa degli altari.
In S. Croce meglio risulta l'arte pittorica di Montanari e Morgari, che hanno trasformato in «una gloria di colori e di figlure la cupola e le volte già desolatamente squallide» della chiesa, cantando «attraverso la musica meravigliosa dei colori e delle artistiche che loro concezioni il poema divino della Croce, alla cue esaltazione la Parrocchia è consacrata».
Merita inoltre di essere ricordata l'operazione altare trasportato durante l'ampliamento della chiesa, avvenuto nel 1959. La parte mensa è stata staccata dal corpo principale ed è stata completata, dopo la riforma liturgica, in modo da formare un corpo unico con altri marmi, in gradevole accostamento di toni grigi e rosa antico. Infine non si può dimenticare tutta l'opera di restauro attuata, nel 1982, con particolari accorgimenti tecnici da parte di Pietro Vignola, in modo da dare smalto e lucentezza alle cornici lasciate nella for-ma originaria. Prospetticamente rivolti al richiamo della croce, tutti i personaggi delle varie composizioni evidenziano profonda spiritualità, al cui risalto giova il gusto di forme drammatiche concepite, robustamente costruite in una cupa atmosfera, che non attenua la ricchezza della stanza cromatica, anzi la rende più risaltante.