Nissoria è stata fondata nel 1746, e noi sappiamo questa data grazie ad una insegna dell'epoca posta nella volta della navata centrale che ci dice Sapientia aedificavit sibi domum. Nissoria prima era un vero e proprio casale (ecco perchè ancora oggi viene chiamata così). Il principe di Paternò risiedeva nella contrada oggi denominata Torre che fin dal VI secolo ospitò l'antica Nysura, colonia fondata da immigrati di stirpe orientale che introdussero il culto per San Gregorio Armeno, rimasto protettore di Nissoria fino al 28 aprile 1855. Sua moglie ha voluto spostarsi nell'odierno centro abitato dove fece costruire la chiesa dell'odierno patrono S.Giuseppe e alcuni lotti di case dove andò ad abitare. La chiesa di S.Giuseppe era inizialmente a navata unica, ma negli anni ha subito molti cambiamenti come l'aggiunta delle due navate laterali. Nel 1843 furono eseguiti alcuni lavori urgenti di riparazione che ingrandirono tra l'altro il fabbricato con l'aggiunta delle due navate laterali. Da alcuni documenti d'archivio sappiamo che tali lavori, tra l'altro non ultimati, furono eseguiti in economia e senza l'ausilio di maestranze qualificate; infatti la situazione edilizia rimase molto precaria Il prospetto ed il campanile vennero successivamente realizzati con il concorso finanziario del Governo, del Comune e dei fedeli ed ultimata (probabilmente) nel 1878. Nel 1891 vennero finalmente costruiti la scalinata ed il piazzale antistante la chiesa. Eccetto gli interventi di ordinaria manutenzione, non si ha alcuna notizia di lavori significativi sino al 1910, anno in cui venne ultimata la pavimentazione della navata centrale. Nel 1939 vennero realizzati dei lavori nella sagrestia che le diedero l'aspetto attuale, e precisamente la volta del corridoio, la cameretta e le 6 grandi vetrate. Nel 1943 i bombardamenti che interessarono il territorio nei mesi di Settembre ed Ottobre, causarono notevoli danni all'edificio che richiesero varie riparazioni, eseguite nel 1948. La Chiesa ha subito diversi interventi nel corso degli ultimi anni.Negli anni '60, in seguito alle nuove norme stabilite dal l Concilio Vaticano II, l'abside della navata centrale fu interessata da alcune modifiche, seguite, negli anni '70, da lavori di pavimentazione delle navate . L'abside della navata centrale presenta un grande mosaico composto da centinaia di tessere d'oro provenienti dall'ex voto dei fedeli. Gli interventi edilizi nella Chiesa, grazie al concorso finanziario di privati, della Provincia e della Regione, possono dirsi conclusi nell'anno 1999, anno che vede finalmente la consacrazione dell'edificio, dopo più di 250 anni dalla sua fondazione.