La Chiesa Madre di Grassano, intitolata a San Giovanni Battista e a San Marco, era inizialmente una cappella del ben più ampio castello della Commenda Gerosolomitana. Non si hanno notizie precise sulla fondazione di questa chiesa, anche se nella Santa Visita del 1588 il Vescovo Santonio scrisse che "la stessa Chiesa è stata consacrata da parte del fu Rev.mo Vescovo di Montepeloso", senza indicarne la data.
Nella Chiesa Madre vi è custodito il meccanismo dell'orologio settecentesco ("a rllocij" in dialetto locale). Quest'ultimo, in passato installato sulla torre dell'ex Palazzo Commendale (abbattuta nei primi anni settanta del Novecento), trattasi di un meccanismo che per oltre 200 anni ha scandito le ore della comunità grassanese: tornato funzionante a seguito di un delicato intervento di restauro effettuato nel 2023 dal sig. R. Eustacchio Mattia, dopo il ritrovamento a 60 anni circa dalla dismissione.
Nella navata sinistra della Chiesa Madre è presente il fonte battesimale, il più antico manufatto in pietra di Grassano.
Datato al Quattrocento, grazie un recente studio del prof. Giuseppe Bolettieri, esso presenta uno scudo araldico del Precettore Francesco della Castellana (1438-1440).
A questo periodo risale il Concilio di Ferrara e Firenze con l'unione delle chiesa latina e greca, come evidenziato da due scudi: uno sormontato dalla croce latina e l'altro dalla croce greca, a testimonianza della probabile presenza di una comunità di rito greco-bizantina nell'allora Grassano. Sull'ultimo scudo sono raffigurati: un compasso, una P e un semicerchio; probabili segni di un lapicida esperto o di una bottega di scalpellini.
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