Le fonti storiche fanno risalire la fondazione della chiesa di Santo Stefano intorno all’XI secolo. Il documento storico più antico é datato 1125 e tratta dell’insediamento in San Remo dei Benedettini provenienti dalla Badia di Santo Stefano a Genova, per ordine dell’allora Vescovo di Albenga, Ottone. Il trasferimento dei padri, comportava l’affidamento della chiesa, dell’attiguo monastero e delle possessioni vicine; tra le buone opere da loro espletate va ricordata anche la costruzione di un ospedale. In quei secoli di guerre intestine, discordie ed odio, la devozione per Santo Stefano divenne sempre più viva; sorsero infatti numerose chiese a lui dedicate e quella di San Remo, fu tra le più popolari e frequentate. Essa sorgeva, come l’attuale, quasi ai piedi della “Pigna”, dove si era arroccata la popolazione medioevale. I Benedettini cedono la chiesa Nel 1140, i Signori di Ventimiglia cedettero il corpo di Sant’Ampelio in cambio di alcuni prigionieri di guerra ed i Benedettini lo custodirono nella chiesa di Santo Stefano sino al 1258, quando l’arcivescovo di Genova, Gualtiero, impose loro di lasciare San Remo e stabilirsi a San Martino di Bisagno.
Nel 1680, il cittadino Paolo Battista Palmari, si mostrò pronto a sostituirsi alla città nelle spese di costruzione e decorazione della Cappella che la Magniflca Comunità di San Remo aveva deciso di dedicare a San Francesco Saverio, in seguito alla canonizzazione ed alla elezione a Compatrono. La città accondiscese, a condizione che nel tempo prefissato di quattro anni, fosse compiuta l’opera “giusta il proposito di alzarla e vestirla tutta di marmo ” e di “dotarla convenientemente possa mantenersi nello splendore che merita il santo protettore. Il lavoro fu compiuto nei termini fissati; il quadro posto sopra l’altare è opera del Piola ed ha per soggetto la Madonna con Sant’Anna e San Francesco Saverio. Le pareti e la volta della Cappella, furono dipinte dal Carrega. In alto, un’iscrizione, attesta che l’altare e sacro all’apostolo delle Indie: APOSTOLO PROTECTORI P.B.P. (= PAOLO BATTISTA PALMARI). La nobile famiglia dei Marchesi Borea d’Olmo, si assunse invece l’onere, di erigere ed ornare la Cappella di fronte, dedicata a Sant’Ignazio. Essa é ricchissima di marmi intarsiati. Il quadro dell’altare é opera del celebre pittore gesuita Andrea Pozzo, rappresenta il Santo, fondatore della Compagnia di Gesù nell’atto di ricevere in essa san Francesco Borgia, duca di Gandìa. Prolungando la fabbrica verso piazza Cassini, si ottenne lo spazio per altre due Cappelle laterali. Una, fu dedicata a san Giuseppe, e l’altra, nel 1765, fu scelta dall’illustre missionario Padre Girolamo Durazzo, per stabilirvi il trono della Madonna della Speranza, che divento la Madonna della gente del mare. Soppressione della Compagnia di Gesù Nella seconda metà del secolo XVIII, la chiesa di Santo Stefano raggiunse il massimo splendore, ma il 21 luglio 1773, papa Clemente XIV con il Breve Dominus ac Redenptor, soppresse la Compagnia di Gesù. Il Breve di soppressione giunse a San Remo il 19 ottobre 1773 e di conseguenza, la chiesa fu affidata ad un sacerdote del clero diocesano, che curò la vita spirituale della comunità.
ll Sacro Cuore contitolare con Santo Stefano Risulta di particolare rilevanza l’emanazione del Decreto del 22 ottobre 1919, con il quale la Sacra Congregazione dei Riti dichiara il Sacro Cuore di Gesù contitolare della chiesa, insieme a Santo Stefano. Pareva quasi d’obbligo, operare in tal senso, poiché detta chiesa, era anche sede del Centro Segretariato Diocesano dell’Apostolato della Preghiera e di varie altre associazioni e pratiche di pietà, dirette a promuovere la devozione al Sacro Cuore. In conformità dunque di quel Decreto, dinanzi al tempietto dipinto dietro l’altare, fu posta la grande ed imponente statua del Sacro Cuore.