Il complesso edilizio comprendente la chiesa ed il monastero di Santo Stefano ricade in una vasta area del centro storico lilibetano dove probabilmente sorgeva il palazzo degli antichi pretori romani, utilizzato poi dai Saraceni come sede del Governo. Nel XVI secolo venne acquistato dal nobile marsalese Stefano Frisella, che ristrutturò l’edificio e lo adibì a monastero per le Agostiniane Scalze dove venne accolta la figlia Francesca. Il benefattore fece anche costruire la chiesa che dedicò al santo di cui portava il nome. L’interesse culturale e strategico della chiesa non è soltanto legato alla bellezza degli interni ma anche al fascino dei suoi sotterranei. Da questa chiesa infatti parte un percorso che collega con la vicina Chiesa dell’Itriella e che probabilmente in passato consentiva di raggiungere parti lontane della città. L'edificio appartiene al patrimonio del Fondo Edifici di Culto del Ministero dell’Interno.