Nei pressi del Largo delle Corregge, zona in cui si svolgevano tornei e giostre, a poca distanza dal Castel Nuovo e dove sorgevano importanti edifici della vita pubblica come il Regio Archivio e la Corte dell'Ammiragliato, ma anche numerosi palazzi nobiliari, nella metà del XIV secolo, con molta probabilità nel 1352, Giovanna I di Napoli, per ricordare la sua incoronazione e quella del suo secondo marito, Luigi di Taranto, dispose la costruzione di una chiesa: non si trattò di una nuova costruzione in quanto, quasi certamente, venne riadattata la sede del Regio Tribunale, completata poi con la costruzione di un ospedale; i lavori erano già terminati nel 1373 come si legge in un documento angioino che descrive l'edificio come luogo di culto e di beneficenza. La chiesa venne intitolata a Santa Maria Spina Corona, nome in seguito mutato prima in Santa Maria Coronata e poi in Santa Maria Incoronata[3]: tale appellativo risale al fatto che al suo interno era custodita la reliquia di una spina attribuita alla corona di Cristo, donata dalla regina Giovanna I, che a sua volta l'aveva ricevuta in dono dal re Carlo V di Francia ed ospitata precedentemente nella Sainte-Chapelle di Parigi. Nel 1378 la chiesa passò sotto il controllo dei certosini di San Martino, diventando tra l'altro, durante le dominazioni angioine ed aragonesi, luogo di cerimonie e di incoronazioni.
Nel XVI secolo, a seguito della costruzione dei fossati e della mura di cinta del Castel nuovo, l'edificio si trovò al di sotto del livello stradale di circa tre metri; in questo stesso periodo inoltre i monaci lasciarono la chiesa che in rovina: in una bolla di papa Pio V del 1565 veniva fatto riferimento che già quaranta anni prima, e quindi nel 1525, i locali del vecchio ospedale erano stati dati in affitto. Nel corso del XVIII secolo venne restaurata, aggiungendo decorazioni in stile barocco che ne alterarono la forma originaria, e quindi riaperta al culto; sulla sua sommità fu costruito un piccolo edificio di due piani.
Tra il 1925 ed il 1929 fu sottoposta a imponenti restauri, guidati da Gino Chierici, che mirarono alla rimozione di tutte le decorazioni barocche, ridando alla struttura il suo aspetto gotico; tra il 1959 ed il 1961 inoltre la chiesa venne liberata dall'edificio sovrastante, già in parte demolito a seguito del bombardamento del 1943 durante la seconda guerra mondiale, riportando alla luce la vecchia copertura a volte estradossate e le basi di due campanili: negli stessi anni furono anche risistemate le decorazioni in marmo del portale d'ingresso. Il terremoto del 1980 costrinse nuovamente la chiusura del tempio ed i lavori di ristrutturazione di potessero fino al 1993: in seguito la sua apertura non è mai stata regolare, fino ad un ultimo restauro, dedicato soprattutto alle opere pittoriche, che permisero la riapertura nel giugno 2014.
Nella chiesa di Santa Maria Incoronata aveva luogo il culto della reliquia della spina della croce di Cristo: questa devozione è partita dal momento della costruzione della chiesa, nella metà del XIV secolo, e perdurata almeno fino al 1463, anno in cui si hanno le ultime notizie certe delle reliquia, quando la certosa di San Martino chiese la sua restituzione dopo averla data in prestito al decano di Aversa. L'importanza di tale reliquia era tale che il 3 marzo 1370 papa Gregorio IX concesse l'indulgenza a tutti i pellegrini che nei giorni del venerdì santo e della Pentecoste si sarebbero recati in pellegrinaggio alla chiesa; tuttavia l'obiettivo principale di Giovanna I, dotando la chiesa di una simile reliquia, era quello di donare lustro e potere sia a lei che a suo marito Luigi.