L'Abbazia, fondata nel 1592 da donna Maria d'Aragona, vedova del principe Francesco Moncada, in suffragio del defunto marito, è l'unica chiesa dedicata alla martire messinese Flavia, uccisa insieme al fratello Placido nel 541. La chiesa fu costruita a partire dagli inizi del '600 e ultimata nel 1769. Ha forma di croce latina, a navata unica con cappelle laterali. Conserva, fra le altre opere, un Crocifisso seicentesco di fra' Innocenzo da Petralia, una pala raffigurante san Diego d'Alcalà, attribuita a Nicolò Buttafuoco, un dipinto raffigurante l'Agnello dell'Apocalisse dell'epoca monastica, e una pregevole statua lignea della Madonna di Fatima con i tre pastorelli, scolpita in Val Gardena negli anni '40 del secolo scorso. Sono inoltre degni di nota gli stucchi del 1820.
Il monastero, costruito per metà (ala meridionale e ala orientale), ha un'interessante facciata con decorazione in pietra di Sabucina. Al suo interno sono ancora visibili alcuni affreschi dell'epoca monastica.
Nel corso dei tre secoli di presenza benedettina il monastero vide la presenza di illustri figure della cultura e della chiesa siciliana e italiana, fra cui vale la pena ricordare dom Girolamo Spinelli, allievo di Galileo Galilei; il botanico dom Arcadio Catena, il geologo dom Gregorio Barnaba La Via, e il beato Giuseppe Benedetto Dusmet. Dopo la soppressione delle Corporazioni Religiose (1867) fu convertito in caserma (la chiesa ne divenne la stalla) per poi essere abbandonato all'incuria e divenire casa per gli sfollati della II guerra mondiale. La chiesa fu riaperta nel 1943 e l'intero complesso fu recuperato e salvato dalla distruzione a spese dei primi tre parroci: Biagio Pilato, Giuseppe La Greca e Luciano Castiglione. Dal 1992 è Santuario della Madonna di Fatima per la presenza della miracolosa statua della Vergine Maria.
Attualmente la chiesa richiede urgenti restauri.