La chiesa fu fondata nel XIV secolo dai frati dell'Ordine Ospedaliero di Sant'Antonio Abate che vi officiarono a lungo. Alla fine del XVI secolo furono realizzate opere di restauro e abbellimento. Nel 1817 venne concessa in perpetuo alla Confraternita di San Nicola da Tolentino. Tra il 1864 e il 1866 la chiesa venne completamente restaurata principalmente ad opera dell'architetto Antonio Tosi Foschini che progettò l'attuale facciata neogotica, caratterizzata dal portale e da due finestre ad arco acuto, rosone centrale e tre archetti di coronamento. L'interno presenta una ardita struttura del soffitto costituito da vele, costoloni e chiavi di volta che ne fanno uno dei più caratteristici di Ferrara.