Collocata nel centro storico di Benevento la Chiesa con l'annesso convento di origine Agostiniano si hanno notizie dall'anno 1300.
Il complesso sembrerebbe sorto su di un precedente tempio forse dedicato alla dea Iside. Dal convento dipendevano quattro chiese: Sant'Andrea da Palofernis, San Matteo presso Porta Aurea, Santa Maria e Sant'Eustacchio.
La chiesa godeva di grande rilievo nell'anno 1366, quando fra Donato da Benevento, che vi dimorava, fu nominato da Urbano V arcivescovo di Lepanto, e mandato nella Turchia Europea. Varie le figure di rilievo che crebbero nel convento tra cui distinsero il teologo Deodato da Benevento, il predicatore Donato Marra, che tradusse e commentò anche gli inni della chiesa, e Agostino Lepore, insegnante di filosofia, teologia, e storia ecclesiastica a Milano, Pavia e Bologna. Nel 1605 nel convento soggiorno anche il futuro Papa Urbano VIII inviato da Papa Clemente VIII per chiarire i confini delle città di Benevento. La Chiesa fu danneggiata dal sisma del 1688 e per lunghi anni non fu utilizzata per l'inagibilità della struttura fin quando l'arcivescovo Orsini poi divenuto Papa Benedetto XIII, nel 1714 la riaprì dopo i dovuti interventi di restauro. Il convento venne chiuso nel 1861, e la chiesa nel 1865. Nel 1920 fu inaugurata la nuova Parrocchia di Sant'Agostino, adiacente alla chiesa storica.