La chiesa di Sant'Agata al Collegio deve il nome al contiguo collegio dell'ordine dei gesuiti.
Sul finire del Cinquecento, Luisa Moncada e suo figlio, il principe Francesco insieme ad altre iniziative, invitarono in città l'ordine dei gesuiti, per il quale fecero edificare la chiesa, dedicata a sant'Agata, ed il relativo collegio. I lavori di costruzione del collegio iniziarono il 1º gennaio 1589 e si protrassero fino alla seconda metà del XIX secolo a causa di alterne vicende, mentre l'edificazione della chiesa iniziò nel 1600, e terminò nel 1610, proseguendo successivamente per i lavori di abbellimento.
L'ampio edificio del collegio è oggi sede della biblioteca comunale Luciano Scarabelli e del liceo musicale.
La facciata della chiesa risale al Seicento, tranne il portale del Marabitti, del Settecento, che è stato realizzato in pietra bianca, a contrasto con il materiale del resto della facciata, in pietra di Sabucina o pietra arenaria rossa. Il portale è coronato da un timpano spezzato, con al centro uno stemma sostenuto da due puttini.
La chiesa ha pianta a croce greca, con quattro bracci di uguale lunghezza e quattro cappelle laterali. L'interno è rivestito da lastre di marmo o di stucco a imitazione del marmo, dove ricorre la sigla "IHS", identificativa dell'ordine gesuitico.
Nel 1950 il Genio Civile in occasione dell'anno Giubilare incaricò l'artista nisseno Luigi Garbato di sostituire e ridipingere ex novo gli affreschi, ormai lacerati, dipinti dagli artisti catanesi Sozzi. Furono ridipinte: la volta centrale, il transetto, il presbiterio, la navata e le cappelle laterali, (ad esclusione della volta della cappella di Sant'Anna che venne affrescata da Luigi Borremans, figlio di Guglielmo Borremans). Gli affreschi del 1950 trattano soggetti eucaristici e sono accompagnati da una decorazione illusionistica in finto marmo; la volta centrale sfondata si apre verso il cielo con il trionfo dellordine gesuita e, nelle cappelle laterali, le cupolette sono decorate con effetto velarium. L'artista ha apposto la sua firma e la data d'esecuzione all'innesto di uno degli archi della volta.
Dietro l'altare maggiore, dedicato a sant'Agata, si trova un quadro del pittore Agostino Scilla che ritrae la senta durante il martirio. Nelle pareti laterali, infine, troviamo due tele del pittore nisseno Vincenzo Roggeri, che ritraggono Santa Rosalia e le sante vergini da una parte, e Santa Rosalia e le sante monache dall'altra.
La cappella dedicata a Sant'Ignazio di Loyola, fondatore dell'ordine, è situata nel transetto di sinistra. Conserva un bassorilievo su lastra di marmo, attribuito allo scultore siciliano Marabitti, con la figura del santo, rappresentato sul mondo insieme ad una serie di raggi dorati; accanto, un puttino tiene un libro recante la scritta anno domini 1600 e al di sopra un triangolo (simbolo della Trinità), recante la scritta in ebraico Yahwe. Sotto il triangolo quattro figure femminili rappresentano i quattro continenti allora conosciuti: una donna con il cammello rappresenta l'Asia, una donna con una testa di leone rappresenta l'Africa, a sinistra una donna seduta con la tiara papale sembra rappresentare l'Europa e, infine, una donna con la faretra rappresenta l'America.
Nella parte inferiore dell'altare, il paliotto è rivestito da un intarsio di marmi e pietre dure che rappresentano fiori ed uccellini i cui nomi sono indicati nei nastri bianchi posti intorno a loro.
Presso l'altare sono presenti le statue di San Stanislao e di San Luigi Gonzaga.