La chiesa di San Tommaso d’Aquino è la rifondazione della vecchia chiesa di S. Pietro (l'attuale coro), a sua volta fondata su un piccolo tempio del VI secolo. La costruzione della chiesa fu voluta da Sveva mentre quello più piccolo era situato su una piattaforma sorretta da due esili colonnine in pietra poste all'ingresso della chiesa Sanseverino in onore del suo prozio S. Tommaso d'Aquino da cui prese il nome. La chiesa è una sovrapposizione di ben tre stili architettonici: di gotico ha il portale, la volta del coro e il chiostro; di rinascimentale ha l'area cantoria, il coro ad intaglio e le cappelle; di un disarmonico barocco è solo l'altare maggiore. Possiede due cori, quello più grande è situato dietro l'altare maggiore e serviva per le grandi occasioni.