La prima chiesa dedicata a san Sebastiano fu costruita probabilmente nella seconda metà del XV secolo nello stesso sito dove già esisteva la chiesa di san Rocco, edificata dopo il 1414 e di già abbandonata. Risultata troppo piccola, per via della crescente urbanizzazione del quartiere, la chiesa fu ampliata a più riprese grazie anche alla forte determinazione della potente confraternita dei disciplinanti (detta di san Sebastiano) costituitasi nel 1568.