La chiesa di San Prospero si trova a Perugia, nell'omonima via.
Il documento più antico che la riguarda risale al 1285, quando la chiesa viene menzionata fra le parrocchiali della città. Alcuni studiosi, però, ritengono si possa far risalire al XII secolo.
All'esterno è difficilmente identificabile, perché strutturalmente è più simile ad un casolare antico piuttosto che ad una chiesa. Forse proprio perché così strutturata e collocata fuori le mura cittadine, nel corso dei secoli è rimasta nel silenzio e nell'indifferenza dei passanti, tant'è che fino all'inizio del XX secolo fu adibita a fienile.
Con il terremoto del 1997 fu necessario un restauro, ma grazie anche ad interventi successivi fortemente voluti dall'Istituto Linguistico Don Bosco, proprietario del bene, e finanziati dalla Regione Umbria, oggi la chiesa è tornata al suo primitivo splendore.
Probabilmente San Prospero fu edificata sopra un edificio del VI-VIII secolo, nel luogo in cui Etruschi e Romani seppellivano i propri cari.