Attorno al 1048 si colloca la costruzione del convento, dedicato san Salvi, e della chiesa, dedicata a san Michele, da parte di san Giovanni Gualberto,fondatore dell’ordine vallombrosano.Sebbene in una zona di campagna, fuori dalle mura di Firenze, fu tra i maggiori conventi vallombrosani, decorato con pregevoli affreschi dei quali rimangono tracce nel bel chiostro e nella sala del capitolo.Vide un nuovo periodo di splendore nel Rinascimento, come attestano gli ampliamenti e la presenza di opere significative quali il Battesimo di Cristo di Verrocchio e Leonardo (oggi agli Uffizi), e l’avvio di un grande monumento marmoreo dedicato a san Giovanni Gualberto per mano di Benedetto da Rovezzano (del quale rimangono frammenti in chiesa e nel museo del Cenacolo).Nel 1534 subentrarono le monache di Faenza devote alla santa Umiltà, che modificarono il complesso.