Le vicende legate alla costruzione della Chiesa sono poche e frammentarie, fu progettata probabilmente su commissione della Compagnia Laicale di San Giovannino, dall’architetto Gian Battista Pelori che “riprese per proprio conto il disegno de l’oratorio concepito dal Peruzzi”. L’unica notizia certa è quella relativa alla facciata che fu eretta nel 1537. Gli affreschi delle volte appartengono a Dionisio Montorselli.