La chiesa di San Giovanni in Val di Lago, nel territorio di San Lorenzo Nuovo (VT), sul tracciato della via Francigena, venne edificata nella seconda metà del XVI secolo sul luogo di una precedente chiesa abbandonata dedicata a San Giovanni il Battista. L’opera, iniziata nel 1566 e conclusa poco dopo il 1587, si deve all’architetto Pietro Tartarino, che progettò una chiesa a pianta ottagonale con profondo presbiterio rettangolare, coperta a cupola e decorata internamente da stucchi. Lo scultore fiorentino Fernando Fancelli, che lavorò alla realizzazione delle decorazioni delle cappelle del Duomo di Orvieto, lavorò alla decorazione dell'altare maggiore della chiesa in cui realizzò in stucco la scena del battesimo di Gesù Cristo.
La chiesa entrò in decadenza a partire dall’inizio dell’800, quando la festa annuale di San Giovanni venne trasferita nel nuovo paese, fondato a qualche chilometro di distanza alla fine del ‘700: trascuratezza e decadenza investirono in particolare la struttura lignea del tetto tanto da rendere necessaria nel 1828 la sua demolizione. Oggi si trova in una situazione di grave degrado, al punto da mettere a rischio tutto l’apparato architettonico.