Il duca Francesco III nel 1774 assegnò la chiesa alla Confraternita di S. Giovanni Battista della Buona Morte che, nata nel XIV secolo nella contrada delle Carceri (via Albinelli) dava assistenza sanitaria e conforto ai condannati a morte, li accompagnava nella processione verso il supplizio; si occupava della vestizione dei defunti, della celebrazione delle messe funebri e delle sepolture. Nella chiesa, sulla cui facciata spicca la lapide commemorativa della traslazione della Confraternita, è conservato il meraviglioso Compianto sul Cristo Morto di Guido Mazzoni commissionato dalla Compagnia in occasione del primo centenario, insieme a dipinti dei più celebri pittori modenesi dell'epoca, quali Francesco Vellani e Antonio Consetti, ma il focus in questa occasione è rappresentato dagli oggetti non esposti al pubblico, come l'arazzo utilizzato nelle processioni al patibolo, statuette, reliquiari, lumi votivi, paramenti, manoscritti, codici miniati e attrezzi utilizzati per le esecuzioni.