La chiesa di San Giovanni Battista è sita ai margini dell'abitato di Petralia Sottana, accanto al complesso conventuale dei Frati Cappuccini. Pochi in paese la conoscono con questo nome, identificandola invece come chiesa di San Calogero, il Santo Patrono di cui ospita l'altare. Incerto è l'anno di edificazione, intorno alla fine del '400; un manoscritto sulle notizie delle chiese del 1887, infatti, la riporta esistente già nel 1503, anno in cui il Notaio Francesco Berlingreri attesta che era stata fondata in questa chiesa la Compagnia di San Giovanni Battista. Non conosciamo i compiti di questa, ma nei volumi d'archivio sono registrati frequenti esiti per elemosine, più che altro a favore di bisognosi, specie in tempi calamitosi, e di povere orfane per maritarsi. Altre elemosine erano quelle che la confraternita elargiva agli ebrei fatti cristiani.
Il prospetto principale della chiesa è in pietra, mattoni e conci, a doppio saliente ed ha un corpo asimmetrico che si allunga nel lato destro dove alloggia la sagrestia. Sul prospetto principale sono presenti un portale e un rosone. La porta principale, mostra due decorazioni a rilievo che testimoniamo proprio la convivenza tra il Santo titolare della chiesa e il Santo patrono di Petralia: da un lato è l'Agnus Dei, caratteristico del Battista, dall'altro è una cerva, prerogativa di San Calogero. Il prospetto laterale è scandito da finestre e presenta un portale in pietra. L'edificio ha pianta quadrangolare, suddivisa in tre navate scandite da colonne tuscaniche. Nella navata centrale, si trova l'altare di San Giovanni Battista eretto insieme alla fabbrica, arricchito da decori a olio e da una cancellata in ferro. L'altare litico, su cui è posta un'epigrafe, scandito da lesene decorate a candelabra e capitelli compositi, è suddiviso in tre nicchiette: nella centrale si trova una statua policroma, attribuita alla scuola gaginiana, riproducente San Giovanni Battista, raffigurato con le sue caratteristiche classiche, l'aspetto emaciato, la veste di pelle e, nella mano sinistra, l'Agnus Dei. Nella navata di destra è l'altare di San Calogero del 1642, rivestito di marmi policromi, che ospitava la statua del Santo Patrono. Prima testimonianza della festa di San Calogero è del 1637. Col passare degli anni San Calogero acquista una popolarità sempre maggiore, gli si riservano festeggiamenti sempre più imponenti e man mano comincia ad essere considerato patrono di Petralia. Nel 1840 nei documenti è ancora definito patrono di Petralia San Giuseppe, ma lo stesso anno il popolo chiede e ottiene che si facciano due processioni, una delle quali nel giorno in cui si celebra la festa del patrocinio di S. Giuseppe. La preziosa statua del Santo Patrono è ora custodita nella Chiesa Madre a causa della pericolosità in cui versa l'architettura che la ospitava, da parecchi anni ormai inagibile. Questo ha determinato uno stravolgimento negli usi e nei costumi della gente del paese, che scandiva da secoli i vari momenti del tradizionale iter religioso e processionale. Tutt'ora la gente, affacciandosi dalla Piazza del Duomo, nel vedere la chiesa legata dai cavi d'acciaio per evitare che si apra, si commuove e, puntualmente, cerca di adoperarsi per la salvaguardia di un patrimonio antropologico, storico, artistico e culturale legato ai ricordi e alla fede popolare.