La chiesa di San Francesco presenta un’ unica navata rettangolare coperta a crociera e conclusa da un presbiterio quadrato sopraelevato, in stile gotico. La navata è suddivisa da alcuni archivolti ogivali che suddividono l’ambiente in una triplice sequenza di crociere. Le finestre e il portale lapideo con arco ogivale, in stile romanico pugliese, arricchito con sculture forse di spoglio, rimandano ad una datazione collocabile tra gli inizi e la fine del XV secolo. La visita pastorale del vescovo Giovan Battista Santonio del 1585 ci attesta che in chiesa erano ubicati numerosi altari con sepolture delle facoltose famiglie cittadine. Questi altari furono eliminati già nel 1746 per ampliare lo spazio interno, attualmente resta solo il particolarissimo altare della famiglia Corsuto.