La Chiesa di San Francesco ha un forte legame con la storia della città e con i Gonzaga che la scelsero come luogo di sepoltura fino alla fine del Quattrocento.
Costruita in stile gotico lombardo in un’area di cintura urbana, piuttosto popolosa ed in espansione, fu completata nel 1304, ad opera di un non meglio conosciuto architetto di nome Germano. Nel 1782, con la soppressione dell’Ordine francescano, la chiesa venne abbandonata e, durante l’occupazione austriaca, trasformata in arsenale militare. Venne acquisita nel 1942 dal Comune di Mantova che ne affidò all’arch. Aldo Andreani i restauri ma nel 1944 la chiesa fu pesantemente bombardata e quindi successivamente ricostruita. Si sono salvati dal bombardamento la facciata, alcune parti dei chiostri, il campanile, lacerti di affreschi delle cappelle laterali e la Cappella Gonzaga, mausoleo della famiglia, dove ancora sono presenti gli affreschi originali ispirati alla Passione di Cristo e alle Storie di san Ludovico da Tolosa.