L’edificio sacro fu costruito negli anni 1730-35 sul luogo della vecchia chiesa abaziale di Santa Maria. Il monastero benedettino di Saccolongo è documentato in una bolla papale del 1° aprile 1123 assieme a quelli di Praglia, S. Stefano di Carrara, Candiana e San Daniele d’Abano. La comunità monastica nel corso del XV secolo abbandonò il complesso così che l’abbazia fu concessa in commenda ad una serie ininterrotta di religiosi non monaci, come ricordano anche le due lapidi murate sulla parete orientale della chiesa. La rendita annua era stimata in 600 ducati veneziani. Fu il veneziano Girolamo Priuli, abate commendatario dal 1673 al 1693, a legare un vitalizio annuo alla parrocchia che in seguito permise la ricostruzione della chiesa. Nel 1794 il monastero fu definitivamente soppresso e i suoi beni fondiari, venduti all’asta, furono rilevati da Alessandro Bonvecchiato un ricco commerciante della riviera del Brenta. Ciò che rimaneva degli edifici monastici, ove ora è lo slargo ad est della chiesa, fu abbattuto negli anni Cinquanta del secolo scorso.