La chiesa di Santa Margherita fu costruita all’interno di un monastero consolidato, in sostituzione di un più piccolo oratorio: per questo è priva di facciata. I lavori iniziarono nel 1526 e si protrassero per circa mezzo secolo, a causa della difficoltà nel reperire i fondi. L’interno è ad aula unica: entrando la prima campata è coperta da una cantoria, mentre lo spazio centrale ha una volta a vela ribassata su pennacchi e il presbiterio è rettangolare con nicchia. Nel 1620 Giuseppe Boldrini e Paolo di Maestro Simone decorarono a stucco la parete dell’altare maggiore, che fu a fine secolo restaurata dalla bottega di Giovanni Antonio Mazzuoli. Per quanto riguarda la decorazione pittorica, la chiesa presenta affreschi riferibili ad Annibale Mazzuoli e alla bottega dei Nasini, mentre le tele, presenti a decoro degli altari, sono attribuite a Stefano Volpi e Agostino Marcucci.