È un convento francescano dell'ordine dei frati minori, che arrivarono a Favara nel 1530 e ivi si stabilirono nel 1575, nella chiesa della confraternita di Sant'Antonio abate che era ubicata dove oggi si trova l'attuale chiesa dedicata a Sant'Antonio di Padova. Nel 1649, i francescani lasciarono il convento. Alla fine ne rimasero circa cinquecento e l'edificio prese il titolo benefico di San Francesco. Nel 1731 il convento risultava essere già soppresso. Nel corso del 1802, gli abitanti della borgata abbandonarono il luogo, lasciando il convento con annessa la chiesa a degli eremiti. Ma nel 1837, durante lo scoppio dell'epidemia del colera, l'edificio fu adibito e poi convertito in cimitero e, l'unico eremita rimasto decise anch'egli di andarsene poiché forte era la puzza dei numerosi cadaveri in decomposizione. Il luogo era destinato ad essere distrutto quando, nel 1866, don Ignazio Fleres, lo ottenne dal barone Antonio Mendola per costruirci l'attuale chiesa e convento.