Alcuni storici attribuiscono a Matilde di Canossa la fondazione di Ognissanti nell`anno 1080 circa, donata successivamente dalla contessa all'ordine benedettino del monastero del Polirone di San Benedetto Po, prima come ospizio e successivamente come chiesa con convento. Altra versione dei storici fanno ascrivere la donazione al papa Adriano IV nel 1159. Come molti altri della città di Mantova, nel 1797, il monastero benedettino fu soppresso dalla nuova autorità francese. La chiesa proseguì la sua opera con parroco di nomina vescovile, non più designato dall'abate del monastero di Polirone.