L'edificazione della chiesa e degli edifici conventuali fu intrapresa nei primi anni del Cinquecento dai monaci dell'Ordine di S. Maria di Monte Oliveto e si protrasse per molti anni. Quando nel 1536 si decise di dotare la città di baluardi per rafforzare il circuito murario, l'area su cui ricadeva il complesso, allora fuori dal centro abitato, fu scelta per la costruzione di un bastione e i monaci furono costretti a trasferirsi nel convento di S. Spirito, fuori città, nel 1575. Tutto il fronte meridionale della chiesa venne incorporato nel bastione dello Spasimo, visibile da via Lincoln, e lo spazio fu occultato da un terrapieno che occultava dall'esterno la vista della chiesa, rendendola simile ad un torrione di guardia. Più tardi gli immobili, acquistati dal Senato della città, furono trasformati in magazzini municipali; tra il 1582 e il 1692 la chiesa fu adibita a teatro. Agli inizi del Settecento il complesso versava già in condizione di grave degrado, tanto che il Mongitore, storico erudito del XVIII secolo, la annovera tra le chiese andate in rovina. A partire dal 1835 vennero apportate modifiche agli edifici per assolvere alla nuova funzione di ospizio di mendicità e nosocomio, funzione mantenuta sino al 1985. La chiesa e quel che restava delle fabbriche adiacenti sono rimaste per anni in condizioni di abbandono; dopo la seconda guerra mondiale la chiesa fu adibita a deposito di materiale artistico delle chiese e dei monumenti danneggiati e punto di raccolta di materiale lapideo da catalogare. La navata settentrionale della chiesa è considerata l'ultima opera aderente allo stile gotico di influenza iberica e, seppur sfigurata da continue manomissioni, manifesta ancora l'imponenza della sua struttura. L'edificio ha tre navate, distribuite da archeggiature su pilastri con archi a pieno centro voltati in epoca successiva; le navate laterali sono precedute da due elementi quadrangolari, di cui uno coperto a cupola, che formano il pronao d'ingresso, al centro del quale è il portico con ampio arco ribassato. Quattro alti archi acuti introducono un doppio transetto che immette ad una profonda abside poligonale, voltata a stella, definita da cornici a bastone che si compongono nella costolatura della volta per concludersi nella chiave a goccia.