L’edificio, impiantato oltre l’abside della “chiesa antica”, presenta un corpo longitudinale, caratterizzato da tre navate, ampio transetto e coro profondo che termina con tre cappelle radiali absidate. Lungo il lato destro è posta un’unica fila di sostegni con cinque colonne, quattro delle quali sormontate da capitelli di tipo corinzio e da un piliere posto all’incrocio del transetto. Il lato sinistro, invece, si presenta privo di sostegni in quanto non vennero realizzate nemmeno le fondazioni. Il coro, sviluppato in profondità, è circondato da un ambulacro con tre piccole absidi, delle quali quella sinistra è priva di catino, mentre un’altra abside più ampia si affaccia sui bracci del transetto, spostata verso l’esterno a causa della presenza di torri scalari. La costruzione dell’Incompiuta risale al XII secolo. Si tratta di un grande progetto benedettino-normanno, che molto probabilmente prevedeva l’abbattimento della “chiesa vecchia”. Tuttavia, “il collasso della monarchia normanna trascinò con sé le fortune dell’abbazia” e la costruzione della nuova chiesa non venne terminata. Un ulteriore intervento è databile al XVI-XVII secolo, quando lungo il muro perimetrale del braccio destro del transetto venne costruito un campanile a vela, costruito in parte con materiale di spoglio.