L’architettura rinascimentale della chiesa vide un esteso rifacimento a partire dal 1670 per volontà del principe Agostino Chigi, per eseguire le volontà testamentarie dell’omonimo antenato, Rettore dello Spedale (1598-1639) e personalità cardine per la formazione di papa Alessandro VII. L’intervento venne affidato alla bottega Mazzuoli, che si impegnò non solo in ambito architettonico con la realizzazione degli altari, ma anche in ambito scultoreo che le due coppie di putti e l’antependium presso l’altare maggiore. Proprio questo vede un tentativo riuscito di armonizzare il Cristo del Vecchietta risalente al 1476 in una contesto fortemente secentesco.