Situata nel sestiere di Cannaregio, la chiesa fu costruita dalla congregazione degli Umiliati verso la metà del XIV secolo. La chiesa è intitolata a San Cristoforo ma è comunemente nota con il nome popolare di Madonna dell'Orto in onore di una statua miracolosa della Vergine col Bambino rinvenuta in un orto vicino e ora situata nella cappella laterale di San Mauro. La statua fu commissionata allo scultore Giovanni De Santi dal parroco di Santa Maria Formosa che, dopo averla vista, la rifiutò. A seguito della bocciatura, lo scultore decise di collocarla provvisorimente nell'orto della sua casa dove, dopo qualche giorno, la scultura cominciò ad emanare strani bagliori diventando così meta di pellegrinaggio per i fedeli. La statua, su insistenza del Vescovo, fu infine acquistata dai frati di San Cristoforo nel 1377.
Al suo interno la struttura conserva opere d'arte di straordinario valore, in particolare alcuni fondamentali lavori di Jacopo Robusti, detto il Tintoretto, la cui abitazione distava pochi passi da lì e che in questa chiesa trovò sepoltura.