Le prime notizie certe relative alla chiesa della Compagnia di San Michele risalgono al 1560 quando, a causa della distruzione della chiesa principale per la piena dell´Arno, l´arcivescovo di Pisa Pietro Jacopo Baroni chiese ai confratelli della Compagnia di San Michele di concedere l´uso della loro chiesa per amministrare i sacramenti. L´origine della chiesa risale agli ultimi anni del 1300 la base della muratura perimetrale, infatti, ha grossi blocchi squadrati di Verrucano. I danni provocati dal tempo e dell´abbandono sono notevoli. Nella zona absidale si sono aperte delle crepe profonde che hanno causato il distacco di stucchi e di fini decori; gli affreschi del ciclo di Santa Ubaldesca, patrona del paese, hanno subito dei gravi danni, tanto che alcuni, a causa dei rigonfiamenti causati dall´umidità, non sono più distinguibili anche gli altari laterali costruiti in pietra serena, si stanno sfaldando a causa dell´umidità.