Il convento dei Cappuccini a Molfetta e l’annessa chiesa del SS Crocifisso furono edificati tra il 1571 e il 1575. La chiesa era composta dalla navata centrale e dalla navatella posta a sinistra a cui si aggiunsero nel corso del 1600 un chiostro quadrato con pozzo centrale sul lato sinistro e la navatella di destra. I preziosi stucchi che ne decorano l’interno sono di epoca barocca. Dell’originale altare maggiore seicentesco rimane solo il tabernacolo a forma di tempietto di stile barocco in marmi policromi e madreperle in stile fiorentino. Dietro l’altare la grande tela del Calvario, commissionata nel 1682 dalla famiglia Cucumazzo, su cui si appoggia un grande crocifisso ligneo. Sulle pareti laterali del presbiterio, sotto le finestre-gelosie, sono collocati sei ovali che rappresentano i dottori della chiesa. All’originario affresco della volta, dipinto nel 1759 da Vito Calò, fu sovrapposta nel 1942 la tela del molfettese Luigi Patimo.