La chiesa del Santissimo Salvatore, in via Stefano Borgia, può essere considerata, nonostante il suo aspetto sostanzialmente barocco, una delle più antiche chiese di Benevento.
Anticamente denominata Ecclesia S. Salvatoris de Porta Somma, essa è sicuramente una chiesa di fondazione longobarda. Lo dimostra innanzitutto un documento, datato 22 febbraio 926, in cui si fa riferimento al monasterio Domini Salvatoris indicandone anche la posizione. Inoltre gli scavi archeologici eseguiti tra il 1997 e il 1999, durante lultimo intervento di restauro della chiesa, hanno permesso non solo di attestarne la fondazione allepoca longobarda, ma anche di individuare elementi di un edificio sacro precedente, databile al VI secolo, poi sostituito dallimpianto del VIII secolo. Molto probabilmente inizialmente la chiesa presentava una forma quadrangolare, con lato pari a circa dieci metri, e due absidi. Il piano di calpestio era posto quasi a un metro al di sotto di quello attuale.
Gli scavi archeologici hanno permesso di scoprire anche alcune sepolture, sempre di epoca longobarda (VII e VIII secolo). Diversi elementi di spoglio (colonne, capitelli, epigrafi di epoca romana) e lantica porta in corrispondenza della navata sinistra testimoniano le prime fasi costruttive della chiesa. Sempre databili a
epoca longobarda sono alcune sepolture di particolare interesse: una a logette, cioè con alloggiamento per il capo del defunto, unaltra bisoma, cioè a due posti.
Nel 1161, a seguito di un intervento di ristrutturazione, la chiesa del Salvatore fu riconsacrata dallarcivescovo Enrico. A tale intervento sono ascrivibili alcuni archi a sesto acuto, ora lasciati a vista sui paramenti murari interni (sullaccesso alla sacrestia e sugli archi tra la navata sinistra e la navata centrale) ma anche in facciata, dove è ancora parzialmente visibile il portale di accesso alla chiesa.
Nel 1650 ulteriori lavori portarono alla costruzione dellaltare maggiore e alla realizzazione (o forse solo riconfigurazione) della navata destra.
A seguito del terremoto del 5 giugno 1688 il Cardinale Vincenzo Maria Orsini, arcivescovo di Benevento e futuro Papa Benedetto XIII, finanziò importanti lavori di ripristino: in facciata fu realizzato ex novo il pronao, internamente la capriata lignea fu nascosta da una volta incannucciata (in seguito decorata con un affresco che raffigura il Salvatore in Gloria tra gli angeli), labside di destra fu obliterata mentre quella di sinistra fu eliminata per ricavare un vano poi adibito a sacrestia. Infine le nuove decorazioni interne, con stucchi intonaci e affreschi, conferirono alla chiesa laspetto barocco che ancora oggi è possibile osservare.
Successivamente al terremoto del 6 giugno 1882 la chiesa fu oggetto di ulteriori importanti opere di ristrutturazione: in controfacciata fu posizionato un organo a canne, nelle navate laterali furono posti due altari in marmo bianco.
Negli anni 50 del XX secolo, a seguito dei lavori di restauro della chiesa di Santa Sofia, furono trasferiti nel Santissimo Salvatore laltare e la statua di San Giovenale, oltre che la statua dellImmacolata.
Dopo il terremoto del 21 agosto 1962 la chiesa fu chiusa al culto e definitivamente riaperta solo nel 2001.