La chiesa del Purgatorio di Ischitella nasce intorno al 1705, grazie alla Confraternita dell'Orazione e Morte che la volle come propria sede. La chiesa è ubicata in quella parte storica del paese che dal '700 fino al '900 va a sostituire quella che era la cintura medioevale di protezione della città antica. La chiesa si eleva fra una schiera di case a mó di torrione, la sua forma rettangolare è differenziata dalle abitazioni dai suoi ornamenti tardo Barocchi, scolpiti in pietra garganica.
Una chiesa che ha da raccontare Mille e più vicende per importanza storica e artistica. Il suo interno è a navata unica e si mostra in uno stile tardo barocco, intriso di tenue cromie e foglie d'oro che adornano i maestosi stucchi presenti su tutta la volta a botte e le pareti laterali. Maestoso e suggestivo ne è l'altare maggiore in cui sue figure inerenti alla morte fanno da guardia alla maestosa pala del napoletano Gennaro Abbate. La tela, opera del 1715 donata dall'allora Principe della città Alfonso Pinto, rappresenta la Vergine della Mercede che intercede per le Anime purganti, titolari della chiesa. Seppure rovinata dall'incuria del tempo e dei danni sismici essa tuttora non presenta ridipinzioni o manomissioni. Notevoli sono anche gli altari laterali. Quello di sinistra dedicato a Sant'Alfonso ospita la sua statua e Reliquie, opera dello scultore Napoletano Arcangelo Testa, per l'altare di destra la Pietà, opera di ignoto napoletano. Di notevole fattura lignea all'interno della chiesa senza dubbio sono il coro e l'organo a canne, che è tuttora conservato sulla cantoria della chiesa. Di grande interesse sono gli stucchi presenti in tutta la parte della volta a botte, suddivisa da grandi cassettoni di calce e stucco dove qua è la sbucano emblemi ecclesiastici, come il trionfo dello spirito santo fra angeli e raggi dorati.
La chiesa fu grande centro di tradizioni, devozione e folclore della cittadina Garganica, che si andarono perdendo con la sua chiusura a seguito dei danni del terremoto del 30 settembre 1995. Vivo è sempre il ricordo della bellezza di questo tesoro sacro e viva è sempre la speranza che la chiesa del Purgatorio di Ischitella torni a rivivere e splendere come nel memorabile passato.