La Chiesa del Paradiso nasce sui resti di quella che un tempo fu la Chiesa di Sant'Apollinare della Peccana, soppressa dai veneziani nel 1517. I lavori di costruzione della nuova chiesa iniziarono nel 1520. Nel 1754 fu realizzato l'arco trionfale e furono messe in atto delle opere di riordinamento, assumendo un aspetto semidefinitivo. Solo nel 1896 venne costruita la facciata della chiesa ad opera dell'ingegnere Antonio Viola.