Nacque come oratorio di un' importante confraternita laica, detta di S. Maria, ed esistente almeno dal 1341 con il fine di assistere i bisognosi e dedita alla gestione di un piccolo ospedale per malati e pellegrini, oggi sede dell'attuale Museo del Merletto. Verso la metà del Quattrocento, la confraternita si unì a quella dedicata al “Nome di Gesù” (detta anche “del Buon Gesù”), culto che si era diffuso alcuni anni prima grazie alla predicazione del francescano San Bernardino da Siena. Queste confraternite ebbero un notevole sviluppo, e raccolsero patrimoni ingenti grazie ai lasciti testamentari dei fedeli e degli stessi confratelli. L’oratorio dovrebbe risalire al XIV o al più al XV secolo, ma la facciata e l’interno della chiesa subirono delle trasformazioni tra ‘600 e ‘700. La confraternita commissionò (1546-1548) all’orafo perugino Bino di Mariotto e al collega maestro Jacobo, un calice e un “Nome di Gesù” in argento dorato lungo due piedi (ca. 70 cm), entrambi perduti.