La chiesa di Santa Margherita sorge sulle rovine dell’antico insediamento del Borghetto, fondato nelle vicinanze di Mendatica e la cui esistenza è già sancita nel 1321. Il borgo venne distrutto durante la guerra che coinvolse la Repubblica di Genova e il Ducato di Savoia. La chiesa costituisce una testimonianza simbolica e storica per la memoria collettiva dell’insediamento di Borghetto; non si conosce la data di fondazione, ma sono presenti tre riferimenti cronologici. Il primo è il 1512 posto sul protiro che permette di ipotizzare il rifacimento dell’edificio e la presenza di una chiesa anteriore. Il secondo è il 1518 scolpito nel peduccio di pietra nera di destra che regge la piccola volta di copertura dell’absidiola. Il 1531, riportato in calce all’epigrafe dipinta sull’imposta dell’arco della prima campata della volta, ricorda un legato dei redditi di un terreno alla chiesa per la celebrazione delle messe. Le pitture murali sono state attribuite a Pietro Guido da Ranzo.