Il museo, allestito in alcuni ambienti di quello che era stato il convento dei monaci vallombrosani presso la chiesa di San Michele a San Salvi, deve il suo nome alla sala del refettorio in cui Andrea del Sarto, su commissione del monaco Ilario Panichi, affrescò l’Ultima cena, terminata nel 1527. A questa magnifica opera si giunge dopo aver attraversato la cucina, con il monumentale camino, e la stanza con il lavabo scolpito. Nel museo sono esposti anche dipinti provenienti da spoliazioni di chiese e monasteri soppressi a Firenze e nei dintorni, opere di alcuni dei protagonisti dell’arte fiorentina del Cinquecento che, se non poteva prescindere da Raffaello, Leonardo e Michelangelo, doveva molto anche ad Andrea del Sarto, il “pittore senza errori”, come lo aveva definito Giorgio Vasari. Una sala è dedicata al Monumento funebre di San Giovanni Gualberto di Benedetto da Rovezzano.