La Cattedrale è stata edificata nella veste gotica attuale, tra il 1284 e il 1341, sopra una chiesa romanica (XI-XII secolo), danneggiata quando le truppe del Barbarossa conquistarono Crema all’inizio del 1160. Nell’area era già esistita un’altra chiesa più antica (VI-XI secolo), i cui importanti resti, con quelli della successiva romanica, si possono oggi osservare nelle aree della cripta e sottopavimentale della navata maggiore. La cripta custodisce anche il Compianto sul Cristo morto (1440-1450 circa), gruppo di otto figure in legno intagliato e dipinto a grandezza leggermente inferiore al naturale, proveniente dal Santuario di Santa Maria del Marzale a Ripalta Vecchia.
Dalla navata nord si accede alla sacrestia vecchia (inizio XIII secolo), ambiente quadrato con colonna centrale e, sulle pareti, il lacerto di un affresco e un’interessante iscrizione. Un corridoio conduce alla penitenzieria, con dipinti di Folcini (1962), e alla sacrestia del Capitolo, ricca di opere pregevoli.