L’abside principale, inizialmente rivolta verso oriente secondo il canone bizantino, nella ricostruzione del ‘500, fu ricollocata verso occidente. Tra il 1641 e il 1644 Pietro Novelli vi eseguì gli affreschi. In quella centrale è rappresentata l’Esaltazione della Trinità, in quella destra, o cappella del sacramento, è rappresentato Cristo che ascende al cielo.