L'edificazione originaria risale al XI sec, mentre la struttura odierna è la risultante di altri due interventi successivi: quello voluto da Rodrigo Borgia nel XV sec e quello più recente, che Giovannangelo Braschi (Pio VI) affidò a Pietro Camporesi alla fine del XVIII sec.
Al suo interno sono ancora sostanzialmente intatti gli affreschi del periodo Colonna (XVI sec.) e lo splendido ciclo pittorico del pittore folignate Liborio Coccetti (XVIII sec.).
La sua storia è legata in larga parte alla commenda cardinalizia, motivo per cui la Rocca venne utilizzata da numerosi personaggi storici: Juan De Torquemada, Rodrigo e Lucrezia Borgia, Pio VI e Pio IX.