Il castello di Medusa sorge a picco sulla gola formata dal Riu Araxisi. Scendendo più a valle questo fiume diventa Riu Majori e dà vita alla gola di "Mitza sa canna", dalle pareti calcaree ricche di grotte e vegetazione. L'importanza della fortificazione dipendeva dal ruolo di controllo del territorio e di protezione dalle scorrrerie operate dai barbaricini che abitavano l'interno della Sardegna, a danno dei ricchi centri della pianura e della costa.