Il complesso monastico di Silki venne riedificato in stile romanico nel XIII secolo, e a quest’epoca risalgono le poche parti della chiesa risparmiate dalle successive riedificazioni, effettuate tra il XV e il XVII secolo. Ufficialmente il monastero di Silki passò ai francescani nel 1467, concesso loro dall’arcivescovo Antonio Cano e dalle autorità cittadine. Nella prima metà del secolo scorso il complesso ha avuto diversi lavori di ampliamento.
Il complesso, da un punto di vista paesaggistico, si incastona preziosamente all’interno del giardino e dei famosi orti di San Pietro, un’area verde di proprietà della Casa di Riposo, che si estende per circa 9 ettari. L’area, delimitata da un muro di cinta storico e organizzata mediante terrazzamenti a secco, comprende un vasto uliveto di circa 2 ettari, orti, vigneti, agrumeti, ed alcuni mirti secolari, citati da A. La Marmora nel XIX secolo; fonti cinquecentesche parlano già del resto di hortos amoenissimos presso il convento. All’interno si trovano elementi di notevole valore storico e ambientale, come il Viale dei Lecci, la Dragonara del Duca, la sorgente di Villa Silki, l’oratorio della Madonnina, la Casa del Duca dell’Asinara (fine XVIII-XIX secolo), ormai diroccata. In particolare sono famosi i suoi lecci e i suoi mirti secolari. Un vasto sistema di irrigazione di grande portata e notevole interesse storico, con canali, vasche, sorgenti scavate nella roccia, strutture in muratura, alimenta tutta l’area. Questa struttura, ancora oggi utilizzata, è molto antica, poiché si basa su un impianto medievale, creato dai monaci forse utilizzando un acquedotto romano preesistente. Recenti ricerche archeologiche hanno scoperto nella zona sud dei Giardini reperti di insediamenti romani e medievali: sono forse resti del villaggio di Silki, citato da documenti storici dagli inizi del XII secolo e fino ai primi anni del XIV.
I mirti e i lecci secolari sono di particolare interesse botanico per le loro dimensioni non comuni e per la loro età: a questo hanno contribuito la fertilità del terreno, un microclima particolarmente favorevole e l’abbondante disponibilità di acqua irrigua. I Lecci secolari furono piantati su iniziativa di padre Dimas Serpi, Superiore del Convento di San Pietro in Silki nel 1594, creando un imponente viale che porta al frutteto. I Mirti di San Pietro sono citati da Antoine-Claude Pasquin “Valery” (1789-1847) nella sua opera “Voyages en Corse, à l’île d’Elbe et en Sardaigne“: Tre mirti enormi formavano da soli un fitto boschetto.
Ancora oggi la struttura agronomica continua a presentare le caratteristiche del sistema di una grande proprietà terriera dei monasteri benedettini.