La chiesa di San Giorgio, lambita dal mare, fu edificata nelle sue parti essenziali fra il 1564 e il 1584 utilizzando le fondamenta e i resti di una più antica fortificazione, forse costruita dai genovesi dopo la battaglia della Meloria (1284), con cui la Superba affermò il suo predominio marittimo sul Tirreno a scapito di Pisa. Per molti anni la chiesa assolse anche la funzione di fortificazione, essendo integrata nel sistema difensivo del borgo.
Subito dopo la consacrazione avvenuta il 1° maggio 1584, per opera del visitatore apostolico Mons. Angelo Peruzzi, una delle torri del complesso fortificato genovese fu adattata a campanile.