Farnese è un piccolo borgo che sorge su di uno sperone di tufo circondato da alte rupi, abitato fin dal Bronzo finale (XII-X sec a. C.), nel territorio sono presenti tracce di insediamenti etruschi, romani e longobardi. I primi documenti scritti che lo riguardano risalgono al XII sec, sono di quest'epoca le prime notizie della famiglia dei signori di Farneto come veniva chiamata allora la località. Farnese deriva, infatti, il suo nome dalla farnia un tipo di quercia molto diffusa in questa zona in passato.Paese d'origine della famiglia Farnese, dal medioevo le vicende del paese sono legate a quelle dell'omonima famiglia. Questo territorio ebbe un periodo di grande splendore durante il XVI sec. quando, eletto papa Alessandro Farnese nel 1534 con il nome di Paolo III, la famiglia godette di grande prestigio e abbellì il borgo con palazzi, chiese, giardini e opere d'arte. Nelle chiese del paese si possono ancora ammirare dipinti di Lanfranco, Orazio Gentileschi, Anton Maria Panico. Di particolare importanza la piccola chiesa di Sant'Anna realizzata nell'ultimo quarto del XVI sec. e decorata con ciclo di affreschi delle storie della Vergine che nascondono un significato alchemico, testimonianza dell'estrema cultura dei committenti.
Tra il 1980 e 1990 una campagna di scavi ha riguardato i "butti" del centro storico. Origianriamente pozzi per conservare acqua e grano, una volta che l'intonaco interno si rovinava venivano riempiti con scarti: grandi ossa, ceramiche. I materiali ritrovati costituiscono il nucleo principale nel museo civico R. Von Willer di Farnese.