Lo scalo principale della città è la stazione di Porto Empedocle centrale, capolinea fino al 1978 della linea a scartamento ridotto Porto Empedocle - Castelvetrano. La città aveva altre tre stazioni ferroviarie oltre a quella principale: la Stazione di Porto Empedocle Succursale, in prossimità del porto, la Stazione di Porto Empedocle Cannelle a pochi metri dalla torre Carlo V e "Porto Empedocle Punta Piccola", nell'omonima località. Adesso è sede della biblioteca comunale di Porto Empedocle.