Il Complesso basilicale nacque in maniera intelligente ed organizzata grazie alla lungimiranza e alla cultura di Meropio Ponzio Anicio Paolino (S. Paolino), che arricchì con una vera e propria fioritura di basiliche e costruzioni assistenziali il sito cimitilese, attirando un numero considerevole di pellegrini. Furono due in particolare le basiliche più grandi ed importanti, tra la fine del sec. IV ed il primo trentennio del V d.C.: la Vetus, cioè quella dedicata a S.Felice, e la Nova. Le due basiliche, incastrate all'altezza della sepoltura di Felice tra di loro come in una ideale cerniera, costituirono il cuore della Città Santa, e furono riccamente decorate ad affresco, con scene ispirate al Vecchio e Nuovo Testamento. Oltre alle aree delle basiliche Vetus e Nova, si innalzarono altre costruzioni, come la basilica dei Martiri, una miriade di costruzioni assistenziali (celle per i pellegrini, ambienti con fontane, punti di ristoro e riposo), nonché il famoso Monasterium di Paolino.