La storia della Basilica di San Francesco è alquanto travagliata: nel XVI secolo viene danneggiata da un violento incendio e nel corso del ‘800 è adibita a sede militare. Gli architetti Giuseppe Partini e Giuseppe Chierici eliminano quanto vi è di superfluo all'interno consolidandone le muraglie, gli archi e i pilastri; vengono decorate le cappelle, le volte, le pareti, realizzate nuove vetrate e un nuovo altare maggiore. La chiesa è riconsacrata il 9 giugno 1894. Tra il 1894 e il 1916 viene ricostruita la facciata sotto la direzione degli architetti Vittorio Mariani e Gaetano Ceccherelli. All'interno delle due cappelle del transetto sinistro si conservano i grandi affreschi staccati dell'ex sala capitolare del convento francescano, la 'Crocifissione' di Pietro Lorenzetti (cappella Piccolomini d'Aragona Todeschini), il 'Martirio dei sei francescani' e la 'Professione pubblica di san Ludovico di Tolosa' di Ambrogio Lorenzetti (cappella Bandini-Piccolomini), 1320-1325.