Sorse probabilmente nel IX secolo intorno ad una più piccola chiesa paleocristiana di cui restano capitelli e colonne di spoglio conservati lungo la parete nella navata destra e nel Chiostro.
Della struttura originaria restano la navata centrale e quella meridionale, sovrastata dagli antichi matronei, mentre quella settentrionale fu in gran parte demolita quando fu costruito il Chiostro. Di grande interesse gli affreschi delle superstiti cappelle bassomedievali raffiguranti i S.S. Cosma e Damiano e fra Gerardo Sasso di Scala, fondatore dell’Ordine dei Cavalieri di San Giovanni.
All’interno della basilica, sede dagli anni 90 del Museo Diocesano, si possono ammirare opere come la mitra angioina eseguita alla corte di Napoli per Lodovico di Tolosa, il collare dell'ordine del Toson d'Oro, massima onorificenza cattolica concessa dai sovrani di Spagna ai monarchi europei, spettante di diritto al gran maestro dell'Ordine di Malta, la cassetta degli Embriachi (XIV secolo), intagliata in osso di bue sbiancato, nonché calici, patene, ostensori, reliquiari, pissidi e paramenti sacri, che consentono ai visitatori di ripercorrere secoli di storia e di cultura religiosa nelle loro molteplici correlazioni.