Le Bandite di Scarlino si estendono su una superficie di quasi 6.000 ettari, interessando parte dei comuni di Scarlino, Castiglione della Pescaia e Gavorrano nell'area settentrionale della provincia di Grosseto. Il territorio, prevalentemente collinare, costituisce l'appendice naturale delle Colline Metallifere grossetane sulla sponda nord-occidentale di Poggio Ballone, protendendosi anche verso il Mar Tirreno, dove forma l'omonimo promontorio, che si affaccia sul Golfo di Follonica.
L'altezza massima che si raggiunge nella parte più interna è di 559 metri s.l.m. sulla vetta del Monte d'Alma, mentre lungo la costa il promontorio delle Bandite di Scarlino tocca quota 213 metri s.l.m.