Sorta intorno al 1095 in una radura sul torrente Setta presso il romitorio del beato Pietro, fu ampliata prima del 1138, quando venne consacrata solennemente dal vescovo di Pistoia, Sant'Atto. Il monastero vallombrosano, che ebbe vasti possessi fino al Mugello e gestì uno "Spedale", fu lasciato dai monaci nel XVI secolo, passando al clero secolare.
Durante una ristrutturazione, nel 1843, venne gravemente danneggiato da un terremoto, che abbatté parte del complesso.