L'Archivio storico del Banco di Sicilia, i cui locali sono adiacenti a quelli di villa Zito, conserva oltre 18.000 volumi che comprendono buona parte della storia economica – bancaria della Sicilia e della città di Palermo in particolare, coprendo un arco temporale che va dal 1552 al 1991, anno in cui l'archivio è assegnato alla Fondazione.
Presso l'Archivio storico sono custoditi i fondi archivistici che, in sintesi, possono essere riuniti in quattro principali sezioni di classificazione: la sezione dei fondi relativi alla Tavola Pecuniaria di Palermo (1552-1857), istituita dal Senato di Palermo l'1 febbraio 1552; quella comprendente i fondi archivistici della Tavola Pecuniaria di Messina (1587-1753); la sezione dei fondi relativi alle Casse di Corte di Palermo e di Messina (1844-1850), fondate da Ferdinando II nell'aprile del 1843; i fondi archivistici del Banco di Sicilia, dal 1867, anno della sua nascita.